Madetu a. s. tvoří 6 výrobních závodů, které se vždy specializují na určitý sortiment mléčných výrobků.

Madeta Řípec

Mlékárna Řípec byla vybudována v roce 1938 jako pobočný závod Mlékařského družstva v Táboře. Od roku 1952 se Řípec specializuje na výrobu tavených sýrů - v současné době se zde vyrábí značky Jihočeské Lipno, Madetka, Labužník, Primator, tavené sýry pro děti Lipánek, žervé Lipánek a tavené pomazánky. Vyrábí se zde také přírodní sýry Kamadet a Blaťácké zlato, uzené sýry a specialita Sýrové dorty. 

Madeta Planá nad Lužnicí

Mlékárna Planá nad Lužnicí zahájila provoz v roce 1968. V roce 1995 byla dokončena rozsáhlá modernizace a Madeta Planá se tak stala největším výrobcem tvrdých přírodních a polotvrdých sýrů v České republice. Madeta Planá nad Lužnicí uvedla na trh také nový sýr holandského typu - Madeland, který si rychle dokázal získat oblibu mnoha spotřebitelů. Kromě Madelandu se zde vyrábí přírodní sýry Primator, Jihočeský Eidam, Moravský bochník a Gouda. Dále se zde vyrábí jedinečné Jihočeské máslo a Jihočeské pomazánkové máslo. Závod disponuje zařízením na sušení mléka a zpracovává se zde také tvaroh určený ke strouhání.

Madeta Jindřichův Hradec

Moderní historie mlékárny v Jindřichově Hradci se začala psát v roce 1973, kdy byl zahájen provoz sušárny mléka o kapacitě 180 tisíc litrů mléka za den. Později, v roce 1977, byla do provozu uvedena i mlékárna. Madeta Jindřichův Hradec se specializuje především na výrobu mléčných dezertů Lipánek nebo Lahůdka. Vyrábí se zde také Jihočeské tvarohy, jogurty, zakysané smetany, Jihočeské zákysy a Jihočeské tvarohy s jogurtem a tvarohy s jogurtem Fitness. Další specialitou tohoto závodu je zrající sýr Romadur.

Madeta Pelhřimov

Soukromá mlékárna Josefa Pejcla byla v Pelhřimově postavena v roce 1942. V 80. letech byla provedena rozsáhlá rekonstrukce závodu. V současnosti Madeta Pelhřimov disponuje jednou z nejmodernějších technologií na zpracování trvanlivého mléka. Vyrábí se zde trvanlivé mléko, trvanlivá smetana a ochucená trvanlivá mléka Lipánek. V roce 2010 se sem z Českých Budějovic přesunula výroba Jihočeského lahodného mléka, smetany a podmáslí. 

Madeta Prachatice

Historie zpracovny mléka v Prachaticích se začala psát v první polovině 40. let, kdy byla otevřena pobočka Mlékařského družstva ve Vltavci. V 70. letech byla ukončena výroba konzumních mlék, jogurtů a smetany. Dnes se po rozsáhlé modernizaci Madeta Prachatice specializuje na výrobu přírodních sýrů Jadel, Akawi, Mozzarella, Balkánského sýra nebo čerstvých sýrů Jihočeský Cottage.

Madeta Český Krumlov

Historie tohoto závodu se začala datovat v druhé polovině 40. let, kdy vzniklo Mlékařské družstvo v Českém Krumlově. Madeta Český Krumlov je s roční kapacitou 2000 tun největším producentem plísňového sýra Niva v České republice. Kromě klasické Jihočeské Nivy je vyráběna i tučnější varianta tohoto sýra "Zlatá Niva". Vyrábí se zde i prémiové plísňové sýry Niva Premium, Caesar Bleu a Císařská Niva.